Composto dalla radice “GARBAGN” e dalla desinenza “ATE” ha origini celtiche o romane. La radice “Garbagn” (Garben) celtica significherebbe manipolo – fascio di spighe e la desinenza “ate” luogo – contrada.
Rohlfs lo farebbe derivare dal nome di persona “Carvanius” (probabile colono che collaborò con Cesare nella guerra gallica e a cui venne affidato il territorio) e dalla desinenza Ate.
Altre ipotesi: la traduzione nella lingua tedesca: Garben (covoni) ed Ate (luogo); quindi “luogo dei covoni” ossia del grano e, per Olivieri, la voce garbum “cespuglieto”, “terreno non coltivato o non fabbricato”.

Nel 1885 in località detta “Baloss” presso l´attuale Statale Varesina e sulla via per Cesate nel 1891 vennero scoperte due necropoli. I reperti sono nei sotterranei del Castello Sforzesco di Milano e nel Museo Archeologico di Corso Magenta. E´ controversa l´appartenenza dei resti al popolo Celtico o a quello Romano.

Fino al tempo di S. Ambrogio (IV sec. d.C.) la cattedrale milanese fu l´unico luogo di preghiera per i cristiani. S. Ambrogio strutturò la sua vasta diocesi ed I vescovi successori la frazionarono in “Plebes”,cioè Pievi, centri dotati di chiesa battesimale. Garbagnate appartenne alla Pieve di Bollate, presente già nel 1092. La Pieve comprendeva anche Cesate, Novate, Baranzate, Vitalba, Senago, Pinzano e dal 1400 Arese. Nel XVI secolo la Diocesi era divisa in 57 Pievi.

Nel medioevo Garbagnate conobbe le strutture agricolo-feudali. Nel XI sec. non ebbe però il suo castello, dimora del feudatario, poichè centro di piccole dimensioni e privo di posizione strategica. Passò sotto il dominio dei Visconti tra il ´300 ed il ´400. Proprietario fu Danesio figlio di Giovanni della Città di Milano. Qui nacque Gaspare, che partecipò all´assedio contro i Torriani nel 1285. Al loro servizio vi fu inoltre Francesco da Garbagnate: illustre letterato, diplomatico,ambasciatore e uomo di guerra. Si stabilirono importanti Ordini Religiosi, ai quali Danesio Visconti cedette gran parte delle proprietà.
Si ricordano due visite importanti alle chiese di Garbagnate: una di S. Carlo Borromeo nel 1573 e l´altra del Cardinal Arcivescovo Federico Borromeo nel 1603.
Nel 1580 Garbagnate si trovò infeudato con la pieve di Bollate. Feudatario il Marchese Giovanni Manriquez di Mendoza, venuto dalla Spagna con Carlo V. I Manriquez nel 1675 vendettero il feudo ai “da Pado o da Po”. Primo titolare fu Gaspero Prospero. Le vessazioni dei proprietari feudali causarono miseria e malattie fra i contadini, mentre bande di briganti li saccheggiarono. Si ebbe drastico calo demografico tra il 1573 ed il 1615 (da 900 a 550 abitanti).

Nel XVIII Maria Teresa d´Austria favorì il dissodamento ed il rimboschimento delle brughiere locali, riadattò molte strade impraticabili, potenziò i collegamenti e diede la caccia a malviventi.
Nel 1732 i terreni del Comune erano di 34 Ditte Censorie, sette delle quali Ordini religiosi. Giuseppe II d´Austria cancellò gli Ordini e fece vendere i terreni all´asta.
Nel 1786 vennero soppressi i feudi. Con la rivoluzione francese ed il periodo napoleonico la proprietà terriera si avviò al frazionamento ed ad acquisire forme moderne. I contadini si concentrarono di nuovo nelle campagne; si costruirono nuove abitazioni, lungo il torrente Guisa, disposte a corti.
Nel periodo napoleonico i Comuni di Cesate, Arese e Castellazzo furono aggregati a Garbagnate, che faceva parte del Cantone di Rho e del Dipartimento d´Olona.
Dopo il Congresso di Vienna Garbagnate fu assegnata al III Distretto di Bollate. Nel 1817 venne aperta la prima Scuola Elementare Comunale. Dopo la proclamazione dell´Unità d´Italia (1861) primo Sindaco fu Giuseppe Uboldi.
Il 18 febbraio del 1864 con decreto del Re Vittorio Emanuele II Garbagnate assunse la denominazione di Garbagnate Milanese.

Seguì nel 1885 in Sindaco Enrico Borlandelli.
Nacque la vocazione industriale da quella agraria. Il frazionamento e l´acquisto dei terreni da parte della nuova borghesia, residente nello stesso comune e amministratrice della vita politica, portò da un lato a maggior sfruttamento dei contadini e dall´altro all´allontamento dei giovani e delle donne, che si impiegarono nelle filande e nelle industrie meccaniche e siderurgiche a sostegno della famiglia.
Si costruì il Canale Villoresi con lo scopo di collegare il Ticino all´Adda. Nel 1888 passò per Garbagnate servendo i terreni agricoli di S. Maria Rossa e di Bariana.
Nel 1879 passò il primo tratto della Ferrovia Nord Milano-Saronno e sorse la prima stazione ferroviaria. Si sviluppò la rete stradale ordinaria mediante tramvie a cavalli ed a vapore. Nel 1876 lungo la strada provinciale Milano-Varese passò la tramvia Milano-Cagnola-Saronno. Ne beneficiarono le prime industrie di laterizi locali: le fornaci Marazzi, Poggi e Litta, Beretta- Gianotti che sfruttarono il territorio ricco di “ferretto”.
Nei primi decenni del ´900 Garbagnate rimase comunque prevalentemente agricola. La maggior parte dei cittadini viveva nelle “corti”, abitazioni rurali, in condizioni malsane.
Nei 1923 si costruì per la cura della tubercolosi il Sanatorio Vittorio Emmanuele III immerso nel verde delle Groane.
Nel 1928 il Re concedette lo stemma al Comune che porta al suo interno in fascio di spighe (garben) parte etimologica del nome Garbagnate. Le 4 stelle rappresentano le 4 località: S. Maria Rossa, Bariana, Barianella e Siolo. Il verde, che occupa la maggior parte dello scudo, significa speranza, gioia, abbondanza. Il rosso e il verde significano gioventù valorosa. La corona antica ricorda il Marchese Corrado, feudatario del luogo nel 17° secolo, che aveva la sua dimora nella Corte Nobile.
Con il coinvolgimento dell´Italia fascista nel secondo conflitto mondiale Garbagnate organizzò la lotta partigiana. Nel 1944 Don Giacomo Gervasoni costituì le Brigate del Popolo, mentre presso l´Ospedale Sanatorio Salvini si compirono azioni di resistenza da parte delle Brigate Garibaldi: alcuni furono inviati nei campi di sterminio. Varie le azioni di sabotaggio ed importante il contributo in vite umane alla lotta di liberazione dal nazifascismo.
Con il dopoguerra si passò all´economia industriale con significativa ondata migratoria da altre regioni. Garbagnate assunse le sembianze attuali.
Negli anni ´40 venne ultimata la Chiesa Parrocchiale SS Eusebio e Maccabei; nel dopoguerra si costruirono nuovi edifici scolastici, il moderno Municipio, oratori per la gioventù. Sul viale Forlanini sorsero la maggioranza delle industrie e nel 1951 il Villaggio artigianale post-sanatoriale accanto all´Ospedale.
Nel 1963 l´Alfa Romeo si insediò ad Arese utilizzando manodopera locale ed immigrata. Si favorì l´espansione edilizia. Le periferie diventarono importanti e crebbero i nuovi quartieri con vari servizi privati e pubblici, fra i quali nel 1975 la biblioteca civica.
Lo sviluppo del terziario e del quaternario sottolineano gli ultimi decenni.

Sindaci del dopoguerra sono stati:
nel 1945 Vittorio Lamberti Bocconi e Giuseppe Banfi;
dal 1946 al 1951 Serafino Milani;
dal 1951 al 1965 Rinaldo Cabella;
dal 1965 al 1970 Dionigi Gianotti;
dal 1970 al 1975 Mario Colombo;
dal 1975 al 1980 Umberto Allievi;
dal 1980 al 1985 Leonardo Marone;
dal 1985 al 2002 Pier Mauro Pioli;
dal 2002 al 2007 Erminia Zoppè;
dal 2007 al 2012 Leonardo Marone;

dal 2012 Pier Mauro Pioli.